钦北区疾病预防控制中心的前身是钦州县卫生防疫站，成立于1956年3月。1984年钦州县设为县级市，钦州县卫生防疫站改名为钦州市卫生防疫站。1994年10月钦州地区撤地设市后，撤销钦州市卫生防疫站，设立钦北区、钦南区卫生防疫站，当时钦北区卫生防疫站仅有4人办公。1995年7月，钦北区、钦南区卫生防疫站将办公场地、设备及人员一分为二，钦北区卫生防疫站正常开展工作。2005年2月19日撤销钦北区卫生防疫站，组建钦北区疾病预防控制中心及钦北区卫生监督所。2006年7月25日钦北区疾病预防控制中心、钦北区卫生监督所正式挂牌运转。

钦北区疾病预防控制中心现有职工28人，退休6人。学历结构为本科2人，专科7人，中专14人，其他5人。目前站内机构设置有：站办公室、质量控制科、疾病预防控制科、免疫规划科、公共卫生科、检验室、结核病防治科、财务室、健康教育所等。