词条 | DNA聚合酶链式反应 |
释义 | 概述聚合酶链式反应(PCR):扩增样品中的DNA量和富集众多DNA分子中的一个特定的DNA序列的一种技术。在该反应中,使用与目的DNA序列互补的寡核苷酸作为引物,进行多轮的DNA合成。其中包括DNA变性,引物退火和在Taq DNA聚合酶催化下的DNA合成。 DNA聚合酶(DNA polymerase I)最早于1955年发现 ,而较具有实验价值及实用性的Klenow fragment of E. Coli 则是于70年代的初期由Dr. H. Klenow 所发现,但由于此酶不耐高温,高温能使之变性, 因此不符合使用高温变性的聚合酶链式反应。现今所使用的酶(简称 Taq polymerase), 则是于1976年从温泉中的细菌(Thermus aquaticus)分离出来的。它的特性就在于能耐高温,是一个很理想的酶,但它被广泛运用则于80年代之后。PCR最初的原始雏形概念是类似基因修复复制,它是于1971年由 Dr. Kjell Kleppe 提出。他发表了第一个单纯且短暂性基因复制(类似PCR前两个周期反应)的实验。而现今所发展出来的PCR则于1983由 Dr. Kary B. Mullis发展出的,Dr. Mullis当年服务于PE公司,因此PE公司在PCR界有着特殊的地位。Dr. Mullis 并于1985年与 Saiki 等人正式表了第一篇相关的论文。此后,PCR的运用一日千里,相关的论文发表质量可以说是令众多其它研究方法难望其项背。随后PCR技术在生物科研和临床应用中得以广泛应用,成为分子生物学研究的最重要技术。Mullis也因此获得了1993年诺贝尔化学奖。 〔PCR原理〕DNA的半保留复制是生物进化和传代的重要途径。双链DNA在多种酶的作用下可以变性解链成单链,在DNA聚合酶与启动子的参与下,根据碱基互补配对原则复制成同样的两分子挎贝。在实验中发现,DNA在高温时由于两条链之间的氢键被破坏也可以发生变性解链,当温度降低后又可以复形成为双链。因此,通过温度变化控制DNA的变性和复性,并设计引物做启动子,加入DNA聚合酶、dNTP就可以完成特定基因的体外复制。 但是,DNA聚合酶在高温时会失活,因此,每次循环都得加入新的DNA聚合酶,不仅操作烦琐,而且价格昂贵,制约了PCR技术的应用和发展。 发现耐热DNA聚合同酶--Taq酶对于PCR的应用有里程碑的意义,该酶可以耐受90℃以上的高温而不失活,不需要每个循环加酶,使PCR技术变得非常简捷、同时也大大降低了成本,PCR技术得以大量应用,并逐步应用于临床。 〔PCR步骤〕标准的PCR过程分为三步: 1.DNA变性(90℃-96℃):双链DNA模板在热作用下, 氢键断裂,形成单链DNA。 2.退火(25℃-65℃):系统温度降低,引物与DNA模板结合,形成局部双链。 3.延伸(70℃-75℃):在Taq酶(在72℃左右最佳的活性)的作用下,以dNTP为原料,从引物的5′端→3′端延伸,合成与模板互补的DNA链。 每一循环经过变性、退火和延伸,DNA含量即增加一倍。 现在有些PCR因为扩增区很短,即使Taq酶活性不是最佳,也能在很短的时间内复制完成,因此可以改为两步法,即退火和延伸同时在60℃-65℃间进行,以减少一次升降温过程,提高了反应速度。 〔PCR检测〕PCR反应扩增出了高的拷贝数,下一步检测就成了关键。荧光素(溴乙锭)染色凝胶电泳是最最常用的检测手段。电泳法检测特异性是不太高的,因此引物两聚体等非特异性的杂交体很容易引起误判。但因为其简捷易行,成为了主流检测方法。近年来以荧光探针为代表的检测方法,有逐渐取代电泳法的趋势。 PS:聚合酶链式反应(polymerase chain reaction ,PCR) 三步: 1 变性:模板DNA加热变性 2 退火 引物与它的靶序列发生退火,引物DNA量多,使引物和模板在局部形成杂交链 3 延伸 4种dNTP 与 Mg2+ 存在的条件下,DNA合成酶催化以引物为起始点,按5'-3'方向进行延伸。 上面三步为一个循环,可使拷贝数到达2*E-6-2*E-7 PCR 产物一段双链DNA,是由它的末端引物的5’端决定的。 1.首轮扩增,其产物是大小不均一的DNA分子。长度应大于两引物之间的长度。 在第二个循环中,如图3,由于5'固定,其产物长度就由等于两引物之间的长度。所以几十个循环后就会产生大量的两引物之间序列。 引物设计: 1,长度15~30个核苷酸,最多到50个核苷酸左右。(50?为什么?反正太长也没有必要) 2, 尽量避免嘌呤和嘧啶堆积的现象。(其实有时很难避免,不是很重要)。 3,引物内部不应该形成二级结构,如果引物中有酶切位点时,就会出现引物二聚体。(一般不是很重要) PCR的反应条件 1,dNTP浓度过高会加快反应速度,但同时还可以增加碱基的错误掺入率。 2, 引物浓度过高会引起错配和非特异性产物扩增。 3,TaqDNA聚合酶浓度过高会引起错配和非特异性产物扩增,低则合成产物量减少。 TaqDNA聚合酶无校正功能,掺入错误率达2*E-4个核苷酸,一个30个循环的扩增反应0.1%-0.25%总错误率。 4, 在90~95度下可使整个基因组的DNA变性为单链。一般94~95度30~60s。时间过长使TaqDNA聚合酶失活和dNTP破坏增多。 5,DNA很快冷却到40~60度使引物和模板结合。引物长度在15~25时退火温度 Tm=4(G+c)+(A+T),一般在45~55度,温度低容易退火但特异性低;温度高,不容易退火但特异性高。退火时间30秒。 6,延伸温度一般在70~75度这时TaqDNA聚合酶活性最高(150个/S),当引物在16个碱基以下时可采用缓慢升高温度到70~75度的方法,使在低温下就开始合成。一般<1KB时间1分钟即可。当〈1KB时在较后的循环中延长扩增时间。 7:循环次数25~30次。 无产物时: 1,取10ul扩增混合液作模板在进行PCR扩增。 2,增加TaqDNA聚合酶浓度 3,增加循环次数 4,降低退火温度 5,加靶DNA量 |
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