中国科学院嘉兴应用化学工程中心成立于2005年8月25日，由嘉兴市政府和中国科学院共建。分中心下设四个研究部门：精细化学与工程、高分子和材料、生物有机和中草药、分析测试中心。包括以下学科方向：有机合成化学、天然产物化学、生物有机化学、手性化学、有机分析化学、应用有机化学、功能高分子新材料、高性能电子聚合物材料、水性高分子材料、生物质综合利用。

应用化学工程中心依托中国科学院广州化学研究所雄厚的研发力量、人才优势和综合技术实力，结合嘉兴及周边地区发达的产业基础，面向嘉兴与长三角，以产业化为主题开展应用科学和工程研究，从事精细化工技术和有机化学、高分子化学与物理学科中方向性创新研究成果推广和运用；以精细化工、功能高分子材料、中草药、生物和医药技术、水处理和污染治理为发展方向，设立重点实验室、工程中心和孵化基地，进行相关学科建设以及人才教育培养，大力推动化学及化工产业的发展。努力将分中心建设成国内有特色的科技创新、人才培训和高新技术研究开发和成果转化基地。