村上天皇第七亲王具平亲王之子源师房为始祖。此家与摄关家关系非常，所以和摄关家一起显赫。崛河天皇时曾经有过“左右大臣、左右大将、源氏同时に相并ぶ例、未だ此の事あらず”的议论，而后又有“近代公卿廿四人、源氏の人半ばを过ぎるか、未だ此の如き事あらんか”这样的说法。可见村上源氏在室町时代之前，是可以与摄关家想对抗的高家。村上源氏一直世袭源氏长者的称号，直到足利义满将源氏长者夺到足利家，才失去了这个称号。

重要人物

源师房：（1008~1077）赐姓源氏，娶藤原道长之女，出任右大臣，直至从一位太政大臣。

源俊房：（1035~1121）师房长子。侍奉五代天皇，出任从一位左大臣。

镰仓时代之后，村上源氏改苗字为久我，并分出了诸多分家，成为堂上家最多的源氏家族。其堂上家都有：久我家，久世家，中院家，六条家，岩仓家，千种家，东久世家，梅溪家，爱宕家，植松家。并且出了北畠、赤松两个武家的著名姓氏。