普通发票：

基本联次为三联，即存根联、发票联和记账联。

专用增值税发票：

现在开具出去的是一般为最基本的三联（也有七联、四联的，视地区的不同，也视版本的不同而不同），三联的作用分别为：

第一联为抵扣联，是你开具给客户后进行仿伪税控认证无误后的税额部份可以抵扣他们的的销项税额，反之你取得供应商的第一联同理可以抵扣你的销项税额；

第二联为发票联，是你开具给客户用来据以付款与记帐的凭证，同理你得到供应商的发票联后据以付款与记帐的凭证；

第三联为记帐联，这是你自己销售货物开具后据以销售记帐的凭证。

本人在上海，其他地区怎么操作不是很了解，不需要交给税务所任何联次，只要你按照规定正确使用，保管好发票，以备税务查帐之用。如果有需要交到税务局的应该是从供应商那里取到的抵扣联，每月装订成册，送交税务局留存。外贸公司取得出口货物的进项发票要进行退税申报的上交抵扣联。