在细菌中常见两种启动子突变，一种叫下降突变，如果Pribnow区从TATAAT变成AATAAT就会大大降低其结构基因的转录水平，另一类叫上升突变，即增加Pribnow区共同序列的同一性。例如在乳糖操纵子得启动子中，将其Pribnow区从TATGTT变成TATATT，就会提高启动子的效率，提高乳糖操纵子基因的转录水平。

在原核生物中，-35区与-10区之间的距离大约是16到19bp，小于15bp或大于20bp都会降低启动子的活性，即造成下降突变。