也有单纯称鳃沟的，另外也有称腹沟或咽头沟的。是文昌鱼和海鞘类从围咽带沿鳃囊腹面中线向后方延伸的纤毛沟。沟壁肥厚，是腺性的，特称之为内柱。在鳃囊的反面，即在背面正中线上有鳃上沟。