HPV是一种具有种属特异性的嗜上皮病毒，属双链闭环的小DNA病毒，包含约8000个碱基对。

其中包括8个 早期开放读码框架（E1-E8）、2个晚期读码框架和1个非编码长控区。在早期开放读码框架中，E6和E7基因对细胞生长刺激最为重要，E6、E7编码的E6、E7蛋白引起宫颈上皮细胞永生化。而晚期读码框L1和L2基因分别编码HPV的主要和次要衣壳蛋白，组装成HPV的衣壳。

将HPV“解剖”开来会发现，它由蛋白衣壳这层外衣和被包裹着的核心构成。衣壳的“原料”主要是衣壳蛋白（L1）和次要衣壳蛋白（L2）；褪掉衣壳，其核心是能引起人类疾病的真身——无包膜呈现小型双链环状的DNA。1949年，Strauss首先在电镜下观察到HPV颗粒，它呈球形，其20面体对称，直径约45-55nm。

根据HPV基因序列结构的不同，人们将HPV分为近130种基因型，其中近百种的基因序列已被摸清。人类是HPV的唯一宿主，它最喜欢把家安在皮肤和黏膜内，因此具有高度的宿主特异亲和力。