水利部北京总医院始建于1978年，是一所医教研防相结合、科室齐全、设备先进、技术优良、服务周到的二级甲等综合医院，是北京市基本医疗保险定点医院。

医院设有内科、外科、妇科、儿科、眼科、耳鼻喉科、口腔科、皮肤科、中医科、急诊科、家床科、预防保健科、放射科（含CT室）、检验科、药剂科、病理科、理疗科、 B超室、血液透析室、内窥镜室、心电图室、脑电图室等，另设有创伤救治中心、睡眠呼吸疾病诊疗中心、老年病研究所、重症监护病房（ICU）、心电监护室（CCU），并承担家庭病床、妇幼保健及计划免疫等项目的社区服务。

医院现有大型医疗设备120余台，包括荷兰飞利浦CT扫描机、德国西门子800毫安X光机、日本日立7020全自动生化仪、韩国彩色全数字多谱勒超声诊断仪、德国Evita dura呼吸机、睡眠呼吸监测系统、日本血液透析机（DBB-22B型4台、DBG-01血滤机1台）、美国全自动血球记数仪、美国动态心电监护仪（动态血压监护系统）等。