上海音乐学院音乐学研究所成立于1950年10月。当时名为“中央音乐学院上海分院音乐研究室”，是全国最早的音乐学术研究机构，由我国音乐学一代宗师沈知白先生亲自创建。1953年，更名为“上海音乐学院民族音乐研究室”，由贺绿汀任主任，1958年由孟波任主任。在贺绿汀院长的关怀下，音研所粹集我院音乐学科精英，编译国外重要文献，致力著书立说，十多年来，为我国音乐学的研究打下坚实基础。1972年，更名为“上海音乐学院音乐研究室”，由焦杰任主任。1982年，更名为“上海音乐学院音乐研究所”。 1982-83年：由著名学者钱仁康先生主持工作，在他的带领下，一大批知名专家学者如夏野、谭冰若、罗传开、叶栋、廖乃雄、汪启璋、顾连理、吴佩华以及改革开放后涌现出来和海外学成归来的学者如杨立青、赵晓生、林华、杨燕迪、洛秦、赵维平、孙国忠等，为新兴学科的建设、中外文化的交流、音乐史料的收集、民族音乐遗产的抢救等发挥了很大的作用，取得了很大的成绩。其后的几任领导先后有：1984-87年：所长廖乃雄，副所长焦杰。1988年：所长罗传开。1989-92年：所长罗传开，副所长赵佳梓。1993-96年：所长赵佳梓。1997-98年：副所长汤亚汀。现任管理人员为：所长林华，副所长洛秦，秘书李小诺、资料员杨小青。

近年来，为了使科研工作坚持弘扬先进文化、更好地服务于社会文明建设、带动学术研究向广深发展，音乐研究所在院领导的带领下，明确办所方向，精简机构，自2001年9月起实行“科研课题聘任制”， 在全国率先制定智力劳务酬金和配置相应科研经费的标准，面向海内外公开招聘科研人员，定期向全院教学和科研人员以及海内外学者提出一系列探索音乐发展规律和关切社会文化实际的科研课题指南，发布招聘公告，与获聘者签定聘用合同关系。与此同时，音研所密切关注社会文化发展的问题，结合学科发展的前沿进行新兴交叉学科的探索和尖端课题的研究，拨出可观的资金资助了一批高质量的科研成果，并通过“音研所——出版社”的科研一条龙体制，积极转化为市场效应。

本所现设有“中日音乐文化交流中心”、“音乐剧研究中心”和“上海音乐学院校史研究中心”以及其他相关机构。并将通过上述研究中心，积极联络相关的学术机构和学者，就共同关心的问题展开交流，建筑学术研究平台，共同推进我国音乐学术研究的发展。