马氏鳄亚科（学名：Mekosuchinae）是澳洲及南太平洋的鳄鱼亚科，现已灭绝。化石纪录显示它们最初于始新世的澳洲出现，并一直生存在澳洲至更新世，及在人类到达斐济、新喀里多尼亚及瓦努阿图前。其分类被受争议，一些认为应为鳄科之下的一个亚科，也有指应为一个独立的科。

马氏鳄亚科是多样性分类。早期在昆士兰的三棱鳄是一种短吻及有大眼睛的鳄鱼，有指它们会攀到树上及跳下压在猎物之上。中新世早期的Harpacochampsa camfieldensis长相类似马来长吻鳄。另一个未被描述的化石则在新西兰的中新世地床发现。马氏鳄属扩展其分布地到达太平洋岛屿，相信它们是以跳岛方式横渡珊瑚海，到达现已沉没的大切斯特菲尔德礁（Greater Chesterfield Island），再到达新喀里多尼亚及其他岛屿。

马氏鳄亚科在鳄属到达澳洲后就灭绝了。其他在瓦努阿图及新喀里多尼亚的则待至人类到达才灭绝。