黑粉菌亚门(学名:Ustilaginomycotina)是担子菌门下的一个亚门。该亚门下含根肿黑粉菌纲(Entorrhizomycetes) 、黑粉菌纲(Ustilaginomycetes)、外担菌纲(Exobasidiomycetes)三个纲及马拉色菌目(Malasseziales)。
根肿黑粉菌纲(Entorrhizomycetes) 根肿黑粉菌目(Entorrhizales) 黑粉菌纲(Ustilaginomycetes) 条黑粉菌目(Urocystales) 黑粉菌目(Ustilaginales) 外担菌纲(Exobasidiomycetes) 实球黑粉菌目(Doassansiales) 叶黑粉菌目(Entylomatales) 外担菌目(Exobasidiales) Georgefischeriales Microstromatales 腥黑粉菌目(Tilletiales) 地位未定 马拉色菌目(Malasseziales)