1959年7月开始筹建，9月正式成立。设有情报组、机电组，共20人，均为专业技术人员。

1959～1963年，研究所曾合并到福建省水利电力厅勘测设计院，成立福建省水利电力厅科研勘测设计院。　1963年1月12日，福建省水利电力厅科学研究所成立，职工总数56人，其中专业技术人员45人(包括高级职称1人、中级职称5人、初级职称39人)。

1970年8月5日，省水利电力厅科学研究所撤销，人员分别并到福建省水利大队技术队(后又改称福建省水利建设大队技术队)及福建省电力设计大队。

1978年6月，福建省水利科学研究所成立，职工总数59人，其中专业技术人员38人(包括中级职称5人，初级职称33人)。

1983年12月，福建省水利科学研究所改名为福建省水利水电科学研究所，职工总数69人，其中专业技术人员45人(包括高级职称3人、中级职称29人、初级职称9人)。

福建省水利水电科学研究所，是个多功能的综合性技术研究服务机构。担负全省水利水电行业普遍性、综合性技术问题的试验研究、新技术引进推广、群众性技术总结、工程质量检测、科技情报交流、水工仪器修配研制等任务。

1987年10月，省水利水电科学研究所贯彻科技体制改革精神，实行所长负责制。

1988年，全所职工人数84人，其中专业技术人员54人(包括高级职称11人、中级职称23人、初级职称15人)。科研任务中增加水运、火电、河口海岸、环境工程中的各种水力学与泥沙问题研究，以及各类土建工程的土工、地基、建材、化学等委托试验和野外测试任务，并向基层承接本行业的各种电算、设计和技术咨询任务。

1990年，福建省水利水电科学研究所有职工87人，其中专业技术人员56人(包括高级职称9人，中级职称22人，初级职称22人)，在初级技术人员中，先后有15人参加业大、电大等学习，大部分取得高一级学历；有3人被选送到国内高校研究生班学习，1人选送到国外进修；中级技术人员中绝大部分均已经过外语专门培训；中、高级技术人员普遍经过1～2次专业培训班学习，实现继续教育。