中华人民共和国成立初期，厦门政区沿袭旧制，开元区为5个区中的1个区。1949年11月26日，划思明区大同保归开元区管辖，全区从原12个保增为13个保。1950年5月2日，划思明区的深田、靖东两个保改隶开元区。

1950年3月开始改造旧政权，废除保甲制，行政基层组织市区改为街政委员会，农村改为乡政府。至1954年底，开元区有公园、禾祥、溪岸、厦禾、开禾、大同、打铁、鹭江、思北等9个街道委员会。

1955年3月开始，基层政权再次调整，街政委员会改名街道办事处，街道办事处下设居委会。1956年6月，开元区有公园、厦禾、思北、溪岸、大同、鹭江等6个街道办事处。

1958年10月开展“人民公社化”运动，撤销街道办事处，设立人民公社，当年12月，开元区设厦禾、鹭江、公园3个公社。1960年4月，前线(禾山)公社的梧村大队划归开元区。1961年初，前线公社莲坂大队划出几个自然村给开元区办开元农场。

1964年4月，市区基层政权组织取消公社建制，复称街道办事处。“文化大革命”期间，开元区被改名为东风区，公园、鹭江、厦禾3个街道办事处分别被改名为红星公社、东风公社和延风公社。1976年10月“文化大革命”结束，拨乱反正，1979年10月1日，开元区和3个公社恢复原名。

1980年上半年，开元区辖境面积13.35平方公里，有4个街道办事处，50个居委会。

经国务院批准，1980年10月在湖里划出2.5平方公里创办厦门经济特区。1981年9月，以禾山公社湖里大队的上河、长岸、薛厝、徐厝、蔡厝、村里、湖里7个自然村组建湖里街道办事处，隶属开元区管辖。其后，又将东渡、官任和塘边等大队划入湖里街道办事处。1983年4月，开元区增设筼筜街道办事处。1985年4月，禾山乡的吕厝、乌林两村划归开元区。

1987年8月，开元区湖里街道办事处改属新设置的湖里区。9月，原郊区禾山乡管辖的何厝、前埔、洪文、西林、莲坂等5个行政村划归开元区；10月，建立莲前街道办事处。截至1995年12月，开元区辖境面积49.45平方公里，辖6个街道办事处，133个居委会。此外，开元区还辖何厝、前埔、洪文、西林4个村民委员会。