厚囊蕨亚纲是真蕨纲（Filicinae）的一个亚纲，孢子囊壁由数层细胞组成。内含：瓶尔小草目，化石少见，且多有疑问；观音座莲目，出现于石炭纪，延续至今。 厚囊蕨亚纲为蕨纲中的一小群植物，它的起源可以追溯到古生代下半纪,现存的只是代表地质史上曾盛极一时的孑遣的种类。仅有二目五科。
孢子囊群起源于一群细胞，屯的壁由多层细胞组成。孢子一型，无外孢壁。精子器深陷于原叶体的组织内。根据观察的种类，幼胚有胚根。
瓶尔小草目 Ophioglossales
中文名 学名
瓶尔小草科Ophioglossaceae
阴地蕨科Botrychyaceae
七指蕨科Helminthostachyaceae
观音座莲目 Marattiales
中文名 学名
观音座莲科Angiopteridaceae
天星蕨科Christenseniaceae