扬州大学档案馆成立于1998年10月，为副处级直属单位。现有在编人员11人，其中副研究馆员5人，馆员6人。内设党政档案科、科技档案科和技术科。档案馆现有扬州大学、扬州师范学院、江苏农学院、扬州工学院、扬州医学院、江苏水利工程专科学校、江苏商业专科学校等7个全宗档案，其中最早的江苏农学院全宗起于1923年，止于1995年12月。截止2007年12月，馆藏党政、教学、科研、基建、声像、实物等各门类档案121980卷（件）。扬州大学档案馆是扬州市档案工作先进单位，江苏省档案工作优秀集体。

2003年1月学校设立校史馆，隶属于档案馆，校史馆馆长由档案馆馆长兼任。

档案馆现有纸质馆藏档案114082卷(件)，声像实物档案7898件。包括扬州师范学院等7个全宗。

1993年以前各全宗档案分为文书档案、科技档案、专门档案三大类，1994年起按照教育部《高等学校档案工作规范》的要求，分为党群、行政、教学、科研、财会、产品、基建、设备、出版、外事、声像、实物等十二类。1号全宗档案有扬州大学组建及其在松散型联合、实质性合并、全面改革调整等时期在各方面工作中形成的重要文件、资料，其中珍贵的档案有江泽民同志为扬州大学题写校名的原件，李岚清同志三次视察扬州大学以及其他党和国家领导人视察扬州大学所作的重要指示、讲话及照片、录像、录音等档案材料。02—07号全宗档案分别记载了合并前原各学院建立、建设和发展情况，完整地保存了各学院在教学、科研和各项管理工作中形成的档案。