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理论缺陷

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柯赫准则是指柯赫法则即柯霍氏法则(Koch’s postulates )，是指导人类、动物、植物病害诊断的一个准则。

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要想确定一种疾病是由于某种微生物的感染所引起，必须满足4项条件：

一、每一例病人体内都可以分离到该病菌。

二、该病菌可以在体外培养数代。

三、培养了数代的细菌可以使实验动物引发同样的疾病。

四、被接种的动物中可以分离到同样的病菌。

这就是著名的“科霍氏法则”（Koch＇Postulates）。最早总结出这个法则的罗伯特·科霍博士是公认的微生物学鼻祖之一，是他最先发现了炭疽病的病因，也是他最先找到了结核病的致病菌。

柯霍氏法则，又称亨勒－柯霍法则，是由四项标准组成的一套研究思维，用以建立疾病和微生物之间的因果关系，此法则由柯霍和勒夫勒共同于1884年将理论公式化，并于1890年由柯霍独立修正后公诸于世，并以此为基础建立炭疽和结核的病原学，但这套思维已被广泛运用在其他许多疾病上。

柯霍氏法则主要分为四个步骤：

1.在病株罹病部位经常可以发现可能的病原体，但不能在健康个体中找到。

2.病原菌可被分离并在培养基中进行培养，并记录各项特征。

3.纯粹培养的病原菌应该接种至与病株相同品种的健康植株，并产生与病株相同的病征。

4.从接种的病株上以相同的分离方法应能再分离出病原，且其特征与由原病株分离者应完全相同。

理论缺陷

1893年发现有些霍乱带原者以及伤寒玛莉等案例并无任何症状表现，因此柯霍后来又将第一条原则后半删去。后来在小儿麻痹、疱疹、爱滋病、丙型肝炎都有类似发现，甚至今日几乎所有医师和病毒学家都认同小儿麻痹病毒只会对少数感染者造成瘫痪。

第三条原则也同样不尽完美，柯霍本身也在1884年发现霍乱、结核等疾病未必能在不同个体产生相同表现，以今日之观点，爱滋病毒无法感染CCR5 Δ32基因删除的个体。

柯霍氏法则发展于十九世纪，是以当时技术水平能用来辨认病原体的技术通则。[1]但柯霍生活的年代，已有许多疾病明显和某些物质相关，却无法符合这套法则的检验。[2]而过于信任这套研究方法的学界，也在无法透过培养基分离培养病毒的情况下，导致病毒学发展窒碍难行。[3][4]目前，已有不少疾病证实为某种病原体造成，却不能满足柯霍提出的理论。[5]因此，虽然柯霍氏法则在史上占有一席之地，也持续对微生物诊断有所帮助，但目前已不要求必须完全符合四项准则考验的研究了。

移植改进

柯赫氏法则已被移植并成为植物病理学中一项经典法则:

1. 共存性观察：被疑为病原物的生物必须经常被发现于病植物体上。

2．分离：必须把该生物从病植物体分离出来，在培养基上养成纯培养，纯培养即只有该种生物而无其它生物的培养物。

3．接种：用上述纯培养接种于健康植物上，又引起与原标本相同的病害。

4．再分离：从上述接种引起的病植物再度进行分离而得纯培养，此纯培养与接种所用纯培养完全一致（第4点是在柯赫氏以后由斯密斯（E．F．Smith）补充的）。

从寄生性简介中显然可见，那些不能进行人工培养的专性寄生物，“分离”这一项工序就无法实现。这就需要作出方法上的修正，使之既适于这些生物的特性，在原则上又符合柯赫氏法则的基本精神，比如接种时必须设有不接种对照以及多次重复接种试验以确定其致病性等。近年来还发现少数复因病害，即由二种生物复合侵染或一种生物和某种特殊理化因素共同作用而导致的病害，对这样的病害，则在共存性观察、分离和接种中均需开扩思路，灵活采用相应方法。