它的南段沿红河行进，大部分大致顺金沙江延伸，至玉树之北殴西则经风火山口到可可西里山南缘长近3000 公里。沿断裂分布蛇绿岩和混杂岩，长期以来构成不同大地构造单元之间的自然分界。金沙江红河深断裂也是一个多旋回构造岩浆活动带，著名的苍山—哀牢山多旋回变质带即与其有关。