IHF是一个由两个独立控制的基因ibfA和ibfB编码的异二聚体蛋白，它与HU蛋白在序列和结构上密切相关。IHF已有一个36bpDNA结合位点，我们可以认为这一蛋白是序列特异的HU蛋白。IHF结合的13bp序列是WATCAANNNNTR，IHF通过与DNA次要的谷作用来识别位点。当单独加到质粒DNA时，IHF在TopoI检测中未发现明显的超螺旋活性。然而，IHF奇异的通过大约150０结合DNA构成一个在超螺旋环的末端最适定位的结构。被IHF结合在很多遗传系统中存在，最近的研究暗示IHF修饰约100个基因的表达。