山南藏医院住院部配置有较先进的抢救医疗设备，门诊部配置有X光机、全导自动分析电脑心电图机、美国进口B超机等现代仪器设备。

医院1987年起组织了藏医药科研工作，1994年正式建立藏医药研究室，在名老藏医主任医师加央伦珠、嘎玛群旦、格桑平措等指导下，成功地研制了七十味珍珠丸、常觉、二十五味珍珠丸、二十五味珊瑚丸、二十五味松石丸等九种名贵藏药，同时“七十味珍珠”和3个“二十五味”率先获得了批准文号。研究室目前有5个主要研究项目，其中国家级科研项目1个，自治区级科研项目4个。 1996年，该院被评为地区级“青年文明号”单位；2001年，藏医专家、副主任医师格桑平措（院长）荣获中国医学基金会“医德医风”奖。

山南地区藏医院有96名职工，其中本科生11名，大专16名，中专27人，有高级职称的5名，中级职称的11名。医院设有以藏医特色为主的四大专科，分别是心脑血管科、骨伤科、胃肠科、肝胆科等科室。该院是以医疗、保健、科研、护理、教学、生产藏药为一体的综合性医院。