法国原子能军事学校前身是1956年创建的海军原子能学校，主要培训海军核潜艇部队的人员。1959年开始招收陆、空军进修生。1961年改名为原子能军事学校，由一名海军上校军官担任校长。

法国原子能军事学校主要任务是：培训导弹核潜艇上的海军士官；弹道导弹核潜艇的艇长、副艇长、军官和工程师；培训战略和战术空军部队核基地和仓库安全的空军责任军官和士官；培训负责舰载核武器安全的海军舰空兵的责任军官和士官；并负责对谋求获得核技术毕业证书的陆军军官以及弹道导弹核潜艇上的医生、护士进行专业的培训。