蛋白磷酸酶是具有催化已经磷酸化的蛋白质分子发生去磷酸化反应的一类酶分子，与蛋白激酶相对应存在，共同构成了磷酸化和去磷酸化这一重要的蛋白质活性的开关系统。

近年来在植物中已经获得了丝氨酸/苏氨酸蛋白酶PP1和PP2，它们参与植物逆境胁迫反应。另外，在动物细胞程序性死亡中，天冬氨酸特异性的半胱氨酸蛋白酶家族发挥了重要的作用。活化的半胱氨酸蛋白酶通常触发信号的级联反应而导致DNA降解与细胞解体。目前已经在燕麦细胞中发现了类似于半胱氨酸蛋白酶的丝氨酸蛋白酶，在热诱导与病原菌引起的燕麦细胞程序性死亡中，参与Rubisco的降解。