该馆是我国收藏水产科学文献历史最悠久、门类最齐全的图书馆之一。该校创建于1912年，1952年建名为上海水产学院，1985年更名为上海水产大学。学校的发展也使图书馆得到了壮大与提高。该校图书馆现分为两部分，军工路校区馆舍面积5480平方米， 南汇学海路校区馆舍面积3200平方米。至2002年11月底，总藏书量已达43万册。其中，中外文图书约30多万册，各类中外文期刊5078种（期刊合订本43366册），各类非书资料5000多份。从1995年开始，所有中文图书的编目和流通实行计算机管理。

该馆设有中文报刊阅览室、外文期刊及水产文献专题阅览室、工具书及资料阅览室、学生教学参考书阅览室、过期期刊阅览室、海洋科技文献室和电子阅览室等。

该馆还与日本、英国、美国、澳大利亚、加拿大以及联合国粮农组织（FAO）建立有定期和不定期文献交流。馆藏文献主要以水产及渔业为特色，涉及鱼类学、各类水产养殖、海洋渔业及资源、水生生物、水产品加工、制冷与冷藏、渔业经济与渔业史、渔业机械、食品科学与技术和经济贸易等。

图书馆几十年里始终以收藏水产科学文献作为自己的办馆特色，其文献的品种及数量在国内同类图书馆中首屈一指。文献主要涉及鱼类学、各类水产养殖、海洋渔业及资源、水生生物学、食品科学与工程技术、水产品加工、制冷与冷藏、渔业史、渔业经济和渔业机械与仪器等。廿世纪初国外出版的水产类图书、廿世纪二、三十年代我国较早出版的渔业刊物以及廿世纪三、四十年代日本出版的渔业经济方面的资料及年鉴也有较系统的收藏。

该馆设以下服务项目：（1）校外读者可申办借书证。（2）文献复印。（3）情报查询：备有《中国水产文献数据库》（光盘）、《中国生物学文摘数据库》（光盘）、《中国科技期刊篇名数据库》（光盘）、（ASFA《水科学和渔业文摘》）（光盘）、（FSTA《食品科学与技术文摘》）（光盘）等。另有网络版全文数据库 《中文科技期刊数据库》、《Springer Link全文电子期刊》、《PQDD》博士论文全文数据库、文摘版《Biosis Previews》美国生物科学文献数据库等。（4）开展期刊全文传递服务。