从1986年与兄弟院校联合培养硕士研究生，1990年获得硕士学位授予权至今，内蒙古科技大学的研究生教育已走过二十多个年头。内蒙古科技大学的研究生教育至今已具有工学、理学、管理学、经济学、法学 、六大学科25个硕士学位授权点,其中12个一级学科授权点，以及同等学力申请硕士学位、工程硕士等专业学位授予权，形成了一定规模的研究生培养体系。目前在 籍研究生1589人。
研究生教育是高层次教育。以学科建设为龙头，内蒙古科技大学加强了导师队伍的建设，学校目前共有研究生导师及兼职导师343名， 其中，学校聘请的各大企业、科研院（所）118名优秀的专家学者和高级研究人员兼职硕士生导师。