“孔门禅”是儒释融会的禅宗，即经禅门而渗透孔门，以佛法比拟儒学，或经孔门而入禅门，以儒学证佛法。

金代佛教的主流是禅宗。当时北方地区的著名禅师万松行秀，极力推广曹洞禅，深受金章宗厚待。他“于孔老庄周百家之学，无不会通，恒业华严”（《五灯严统》卷十四）：“儒释兼备，宗说精通，辩才无碍”（耶律楚材序《从容录》）。万松行秀的言教作为，处处以儒家礼仪为标准，爱人以德、尊帝以礼、待师以孝。

万松行秀经常劝导弟子耶律楚材，以佛法治心、治国，他说：“世间佛法可以治心，不可以治国，证之于湛然，正心、修身、家齐、国治之明效，吾门“显决”何愧于《大学》之篇哉！”（《湛然居士文集》序）万松行秀自称曹洞禅门“显决”好比《大学》篇章，这表明他的禅学打通了儒释。

李纯甫，号屏山，少年即恃才自傲，以诸葛孔明、王景略自期，谓功名可俯拾。章宗时考取进士，因其抱负为当政者所抑，遂于中年弃官而皈依禅学。他时常说，我祖老子，怎敢不学老庄？我生前是一僧人，怎敢不学佛陀？每当酒酣之际，纵论天下大事，或谈儒释殊同，虽围攻而不屈。他撰《鸣道集说》，“援儒入释，推释附儒”，倡导三教合并，以助其师说。他还认为，儒释融合，自唐代李翱始，至宋代王安石父子、苏东坡兄弟而渐趋成熟；理学家们对释老也是“实而文不与，阳挤而阴助”。

“孔门禅”的实质是儒释融合，万松行秀经禅门而渗透孔门，以佛法以拟儒学；李纯甫则经孔门而入禅门，以儒学证佛法，总的精神不变。