高淳县气象局实行南京市气象局和高淳县人民政府双重领导，以南京市气象局领导为主的管理体制，在南京市气象局和高淳县人民政府的领导下，根据授权承担高淳县行政区内气象工作的政府行政管理职能，依法履行气象主管机构的各项职责。高淳县气象局为正科级单位，机构规格与高淳县县直工作部门相同。

高淳县气象局内设办公室、气象台、防雷安全管理中心3个股级职能科室。目前在编人员9人，其中1名同志为内退。在编人员中工程师以上职称有6人。本科学历3人，本科在读2人，大专学历2人。