馨子内亲王生于长元2年2月2日（1029年2月17日）卒于宽治7年9月4日（1093年9月26日），贺茂斋宫。
日本第71代后三条天皇中宫，后一条天皇与藤原威子中宫之女，同母姊姊是后冷泉天皇中宫章子内亲王。
长元四年，受内亲王，授正二品，任贺茂斋宫，叙准三宫，加封千户。
长元九年四月，后一条天皇崩御，与母亲威子中宫、姊姊章子内亲王迁居鹰司殿。九月，威子中宫崩，与章子内亲王迁居上东门院处。
永承六年，上东门院馨子内亲王成为东宫妃。
延久元年七月，立为中宫。
延久三年，居弘徽、登花两殿。
延久五年，为尼。
承保元年，改称皇后。
宽治七年九月，崩，年六十五。