用Southern印迹法检测某一种属的DNA探针与来自多个种属基因组DNA杂交的活性即叫种属间印迹或“动物园杂交”（zoo blot）。用此法可以评估一段DNA序列，特别是一段编码序列在进化中的保守程度和种间关系。

由于种属间印迹杂交是用基因组DNA而不是用RNA进行杂交，因而作为一种筛选基因的方法，它比Northern 杂交分析更可靠。这一方法的缺点是，一定要对较大的DNA片段进行亚克隆，而且难以用此法鉴定种间同源性较低的基因。