微生物工程学是以微生物学、生物化学和生物工程学为基础，又与工程技术紧紧联系在一起而建立的一个完整的科学与工程技术体系。它是研究利用微生物（包括“工程微生物”在内）及其代谢产物与工艺生产过程原理的科学。