南京财经大学电子商务系是南京财经大学国贸学院下属的三个系之一。电子商务系拥有电子商务一个专业，电子商务专业课程设置包括基础理论与实务知识，培养熟悉电子商务应用开发技术，具有经营管理素质和技能，能在信息、网络公司以及生产、流通及其他行业从事电子商务系统的规划、分析、设计、开发、管理和评价，能使用现代信息技术开展商务活动的高级专门人才。

主要专业课程：宏观经济学、微观经济学、管理学原理、电子商务导论、JAVA程序设计、网页设计与制作、电子商务实现技术、网络支付与结算、电子商务安全技术、电子商务系统分析与设计、电子商务物流与供应链管理、WEB数据库技术、电子政务、网络经济学、网络营销等。

电子商务系就业方向：本专业学生毕业后可在各类企业从事电子商务战略规划制订，电子商务系统分析与设计、网站开发与管理、网络营销、电子贸易等工作，可在各级政府部门从事电子政务的相关工作，也可在教育机构从事网络教学系统的运营管理工作。