合肥市人民检察院下辖7个县、区检察院和两个派出检察院。全市检察机关共有检察干警554名，其中市院193人。

目前内设办公室、政治部、反贪污贿赂局、渎职侵权检察处、侦查监督处、公诉处、民事行政检察处、控告申诉检察处、职务犯罪预防处、检察技术处、法律政策研究室、监察室、机关党委、计划行政财务装备处、法警支队等15个处室局和合肥市城郊地区人民检察院、合肥高新技术产业开发区人民检察院两个派出机构。其中，政治部、反贪污贿赂局为副县级规格，政治部下设组织干部处、宣教处、离退休干部工作处，反贪污贿赂局下设侦查处、指挥中心、综合指导处。

多年来，合肥市人民检察院在市委和省人民检察院的领导下，在市人大的监督与政府、政协的帮助下，坚持以邓小平理论和“三个代表”重要思想为指导，以科学发展观为统领，自觉践行“强化法律监督，维护公平正义”的检察工作主题，深入落实“加大工作力度，提高执法水平和办案质量”的总体要求，认真履行法律监督职能，检察工作、队伍与基层院建设均取得了令人瞩目成绩。

特别是新一届党组成立以来，紧紧围绕全市改革发展稳定的大局，深入开展“规范执法行为，促进执法公正”活动和社会主义法治理念教育，检察队伍素质和执法能力不断提高，为合肥跨越式发展和构建和谐社会作出了积极贡献。仅2006年，全市两级检察院受到省以上表彰的先进集体和先进个人25项，其中市检察院获得全国检察机关集中处理涉检信访问题专项活动先进单位、全国检察机关纪检监察工作先进集体和全省社会治安综合治理先进单位等称号，庐阳区检察院、长丰县院分别被最高人民检察院授予“全国基层检察院规范化建设示范院”和集体一等功。