教育科学系于2003年3月在原基础课部的基础上成立，全系共有教职工32名，教师总数29名，专任教师中有教授2名，副教授4名；有博士2名，硕士以上教师18名。高职比和高学历比分别为21%和62%。另有兼职教授2名。校级学术带头人2名，省“园丁奖”获得者1名，省青年教师成才奖获得者1名，教学科研双骨干4名。基本形成了一支年龄结构、职称结构和学历结构较为合理，学缘结构不断优化，朝气蓬勃、富有潜力的教学科研团队。

现有初等教育、现代教育技术和学前教育三个专业，分别于2001年、2002年和2003年开始招生。有普通在校学生540名。三个专业已毕业887人，绝大多数在民族地区基础教育一线工作，办学声誉良好。

建有教育技术综合实验室、电化教育实验室、心理教学与测评室、微格教室和学前教育艺术实训室等稳定的实验实训室，仪器设备值达196万元，教学条件不断改善。

学校依托我系设有民族教育研究所，重视教育科学研究，近几年来，教育科学系教师出版专著和参编教材12部，承担各类科研课题15项，其中教育部人文社会科学重点研究基地重大课题1项，省厅级课题7项。获得省教育厅高校社科类科研成果一、二、三等奖各一项。发表论文100余篇，科研水平稳步提升，初步形成了以民师范教育、民族基础教育、基础教育课程改革和校本课程开发为特色的研究方向。

教育科学系在学校党委和行政的领导下，办学指导思想明确，目标定位准确。针对政治可靠、一专多能、扎根和服务民族地区基础教育的人才培养目标，坚持以教学为中心、以学生为主体的办学原则，紧密联系基础教育课程改革的实际，深化教学改革，优化课程结构，调整教学内容，完善课程体系，转变教学方式。开设了新课程理念、综合实践活动实施、校本课程开发和综合课程概论等新型课程；改革教师教育理论课程，按照多课程、少课时的原则，保证基本理论，突出教学实务，强化技能训练；实施“6+1”（教案撰写、课件制作、教学观摩、模拟试讲、微格教学、基地见习和教育实习）实践教学模式，注重培养学生创新能力和实际操作能力，使我系的人才培养更加符合民族基础教育的实际。

教育科学系坚持弘扬“缺氧不缺精神、艰苦不缺志气”的办学精神，用阳光品质来培育校园文化主题，增强了办学活力。学生助学贷款占学生总数的38%，贫困学生的资助逾100%。学生勤学明礼，教师治学严谨，师生情绪高涨，办学成效显著。2005年以来，系党总支获中共甘南州委表彰的“先进基层党支部”荣誉称号，教育科学系被学校授予“教学工作先进集体”和“科研先进集体”，系团总支被团省委授予“五四红旗团总支”光荣称号。