恶性肿瘤发病机制及转化研究教育部重点实验室于2008年获批立项建设，2010年通过验收，开始正式运行并向国内外开放。游伟程教授为实验室主任，魏于全院士为实验室学术委员会主任。

实验室依据前期工作基础及肿瘤研究的发展趋势，围绕“战略前移、少发易治、量体裁衣、合理治疗”的战略思想，继续围绕胃癌、乳腺癌、食管癌等病因及发病机制、遗传易感与环境交互作用及分子流行病学、预警及早期诊断、高危人群干预及防治的新药研发和肿瘤侵袭转移等内容开展更高水平的基础及应用基础研究，以期在肿瘤预防、预警、干预、早诊及相关机制等方面，取得更多创新性、开拓性研究结果。

实验室现有固定人员78人，流动人员15人，其中包括中国科学院院士1人、教育部“长江学者奖励计划”特聘教授1人、国家杰出青年基金获得者5人、教育部新世纪优秀人才计划获资助者5人、博士生导师23人，组成了肿瘤分子生物学、流行病学、遗传学、病因学、肿瘤病理学等研究团队。

实验室已与美国NCI、国际消化道肿瘤联盟、德国慕尼黑工业大学、日本东京医科齿科大学、日本国立癌症中心、韩国首尔国立大学医学院、韩国科技大学医学遗传研究中心等多家国际学术机构建立了合作关系。2008年以来，实验室出国访问进修学习40余人次，接待国内外专家同行来访200余人次，接受全国各地联合培养研究生13人。