简介

原理

常用方法

简介

肽质量指纹谱分析（Peptide Mass Fingerprinting，PMF），也称肽指纹图谱，是目前蛋白质组研究中鉴定蛋白较为常用的方法。不同的蛋白质经专一酶解后产生特定的肽段序列，采用生物质谱对肽混合物进行质量分析，结合数据库检索对库中的已知蛋白质进行鉴定。

原理

由于每种蛋白质的氨基酸序列（一级结构）都不同，蛋白质被酶水解后，产生的肽片段序列也各不相同，其肽混合物质量数亦具特征性，所以称为指纹谱，可用于蛋白质的鉴定，即用实验测得的蛋白质酶解肽段质量数在蛋白质数据库中检索，寻找具有相似肽谱的蛋白质。

常用方法

测定肽混合物质量数最有效的质谱仪是MALDI-TOF-MS（基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱，英文名Matrix-Assisted Laser Desorption/ Ionization Time of Flight Mass Spectrometry），灵敏度高，谱峰简单，每个谱峰代表一种肽段。MALDI-TOF-MS分析肽混合物时，能耐受适量的缓冲剂、盐，而且各个肽片几乎都只产生单电荷离子，因此MALDI-TOF成为进行分析PMF的首选方法。

但是蛋白质可能存在翻译后修饰，电泳过程中某些氨基酸会引人质量修饰，这样在蛋白质的肽谱中就有一些质量数与理论值不符，但肽谱鉴定的好处就在于不需将全部质量数都与理论值相符。做肽谱，我们收到的样品可以是考染的凝胶，也可以是银染的凝胶（但颜色不要太淡了，即量不能太少），或是溶液(但要保证二级结构不能太复杂)。