周如砥幼年丧父，其母亦随之“殉节”。其伯父、伯母省吃俭用，供其读书。明万历十七年（1589年），考中进士，授庶吉士检讨，后升任国子监祭酒。在任职期间，他严于律己，礼贤下士，特别注意培养人才，奖掖后进，有“时天下士多出其门”之誉。他的文章在当时也颇负盛名，《山东通志》称“如砥文章名天下”。有著作《青黎馆集》传诵于世。
他年老归里后，谢绝官场交往，但关心人民疾苦，常评议地方利弊，曾呈请皇帝减免百姓的额外赋税。
周如砥于万历四十二年撰写了《重修鹤山遇真庵碑》，对鹤山之景观及遇真庵之历史皆有记述，为研究崂山道教提供了宝贵资料。此外，还写有《黄石草堂》、《法海寺》、《白云庵》等游崂诗篇。