福州海校的前身即清末同治六年(1867年)由船政大臣沈葆桢于福建马尾所创设的船政局前后学堂, 亦称"马尾海校". 船政前学堂教造船以法文教育为主, 船政后学堂学航海驾驶以英文教育为主, 1868年增设管轮(轮机)学堂, 不久并入后学堂. 第一阶段自开办到1874年停办计毕业八班178人, 随之停办达六年. 总计船政前学堂制造(造船)科毕业生八届共178人, 船政后学堂驾驶(航海)科毕业生十九届共241人, 管轮(轮机)科毕业生十四届共210人.

民国后船政后学堂改为制造学校, 船政前学堂改称福州海军学校, 并归北京海军部直接管辖. 1926年飞潜与制造学校并入海校, 1931年12月改称海军学校. 抗战时迁至贵州桐梓, 战后与设在上海的新制海军官校合而消失.

民国后的福州海军学校航海科毕业生十一届共267人, 轮机科毕业生六届共100人, 造船班毕业生共11人, 军用化学班毕业生共11人, 飞潜班毕业生三届共56人, 航空班毕业生三届共21人. 民国后担任校长的有: 王桐, 张斌元, 陈兆锵, 沈觐宸, 夏孙鹏, 杜锡圭, 朱天森, 李孟彬, 高宪申等. 其中杜锡圭以曾担任过上将海军总长后回任海校校长最为特殊. 福州海校的练习舰以官兵腻称为"济伯"的"通济"号练习巡洋舰为主, 但因闽系掌控中央海军部大权, 所以登舰实习的机会也比其他海校来得多. 中央海军在民国初年期间还有练习舰队的编制, 以"应瑞"号练习巡洋舰为旗舰, 下辖"通济", "靖安"等舰. 马尾海校的传统是招收初中程度学生施以七至八年的训练, 所以是当时中国各海校中程度最高者, 亦养成该校毕业军官的自傲之气, 加上旧海军闽籍军官在中央海军的结帮势力, 与其他海校出身军官彼此排斥, 遂成为战后对马尾海校毕业生的白色恐怖事件, 连续三个年班被桂永清整肃. 中国海军早期的将领泰半出身自马尾海校, 较著名的毕业生有严复, 刘步蟾, 萨镇冰, 程璧光, 刘冠雄, 李鼎新等. 而闽系不一定专指马尾海校出身, 由于其毕业生的势力遍及全国各海校, 故包含南京水师学堂(如陈绍宽), 烟台海校(如梁序昭)等的毕业生亦被视为闽系. 而抗战末期在内地招收的学生毕业后著名的尚有刘和谦, 叶昌桐等.