喀什海关始建于1944年5月，时称“喀什分关”，由国民政府海关总税务司署设立。新中国成立后，1950年6月，设喀什分关，隶属乌鲁木齐海关；1985年升格为正处级海关；2006年7月，经国务院批准，喀什海关为副厅（局）级海关。

喀什海关业务覆盖喀什、克州、阿克苏、和田四个地区。主要担负着喀什国际机场、喀什新怡发二类口岸、喀什国际汽车客运站、驻邮局办事处的货物、行李物品、邮递物品的进出境监管，以及南疆四地州的企业注册备案、稽查等任务。

隶属海关：红其拉甫海关、吐尔尕特海关、伊尔克什坦海关、卡拉苏海关（筹）。

缉私机构：喀什海关缉私分局、吐尔尕特海关缉私分局

监管区域：64万平方公里。

喀什海关地址：喀什市色满路152号