国立南昌大学农学院源于抗日战争时期创建于江西抗战后方泰和县杏岭的国立中正大学的农学院。

１９４０年教育部拨款法币一百万元给江西省政府，在泰和杏岭成立国立中正大学，校名取义中国传统文化中的重要理念“大中至正”。１９４０年９月，国际著名植物分类学家、原中央研究院院士，有着中国植物学之父美誉的赣籍学者胡先骕博士被任命为校长。

创办之初，正大设政治、文学艺术、理、工、农五学院。学校的创建和胡校长的知人善用，在“名人名校”的构想下，他招纳才贤，许多一流学者到校任教，其中更是有众多江西籍学者，在爱乡爱国的热忱之下，纷纷放弃原有优越的工作条件报效乡梓来正大任教。中正大学名家汇集，成为一时之盛。到１９４４年４月胡先骕辞职离任时，校本部已拥有专职教师２０３人，其中教授７１人，副教授３９人。他们中，有从本省“ 法专”、“工专”等校调进的雷洁琼、王修采、王易等教授，有从沦陷区来的俞调梅、姚名达等教授，有放弃较为安全环境从西南大后方来的蔡方荫，戴良谟，周拾禄等教授，有舍弃在美国罗杰斯大学优厚生活条件和良好的科学研究环境，辗转万里来校执教的双博士黄野萝教授。他们造福桑梓、报效祖国，在距抗日火线仅一百多公里的大学辛勤耕耘，留下了许多感人的故事和难忘的回忆。1945年8月15日，日本宣布无条件投降，国立中正大学随即迁往南昌望城岗。

从立校之始到１９４９新中国成立，该时期的国立中正大学，前有抗战艰辛后有内战纷乱，在不平静的时代大背景里，正大师生的勤勉奋进，使正大成功跻身民国一流学府的行列，为全国19所国立大学之一，并被誉为民国发展最为迅猛的国立大学，诸多学科均为民国时期学界之翘楚。

１９４９年９月，国立中正大学更名为国立南昌大学，设政治学院、文学艺术学院、理学院、工学院、农学院，１６个系。1949年更名后，学校仍为国立综合性大学，直属中南教育部领导。

１９５３年，在全国高校院系调整中，国立南昌大学大部分学科、专业调整至中南区的武汉大学、中山大学、华中工学院等14所高校，保留了师范部的中文、历史、生物、数学、物理、化学和艺术7科，学校改为江西师范学院，性质由综合性大学改变为培养中等学校师资的高等师范院校。与此同时，在江西，以国立南昌大学农学院为基础，单独组建了江西农学院（现江西农业大学）；1962年，江西师范学院生物系又被调至江西大学（现南昌大学）。