电子PCR ( Elect ronic PCR , e-PCR)

现已是一种常用的核苷酸序列电子分析工具, 它在DNA 片段的染色体定位、基因组测序、基因组辅助作图、PCR 引物辅助设计和基因的克隆等方面发挥着重要作用。

e-PCR 技术是利用生物信息学数据库作为平台, 借助相应的分析运算软件, 搜索所查询的DNA 序列(query sequence) 是否含有序列标记位点(Sequence Tagged Sit , STS) , 根据STS 在已知基因组图谱的位置将所查询的DNA 序列在基因组图谱上进行定位 。它的主要原理与BLAST 相似, 但是BLAST 是将所查询序列与数据库中序列的全长进行比对, 而e-PCR 是将所查询序列与数据库中STS 序列两端的PCR 引物序列进行比对。在一定意义上说, BLAST 类似电子杂交技术而e-PCR 是一种无需具体实验操作的借助于某些生物信息数据和专用分析软件而可以在计算机上进行的PCR技术。正如实验室中PCR 专一性优于杂交一样,e-PCR 比BLAST 显示出更高的专一性

e-PCR 技术的目的是将DNA 序列定位于特定的基因组图谱( Genomic Map) 上。因此, 基因组图谱也是e-PCR 的基础平台。基因组图谱是指综合某一生物的基因在染色体上的分布状态、排列顺序等信息而绘制成的图例, 包括以染色体重组交换为基础的遗传图谱( Genetic Map) 和以DNA的核苷酸序列为基础的物理图谱

应用

基因组测序与基因组作图迄今已完成了约1000 种病毒、100 种微生物和近100 种真核生物的全基因组测序工作, 并沉淀在Genebank 数据库中( http : / / www. ncbi. nlm. nih.gov) 。e-PCR 在其中发挥了重要的促进作用。基因组测序\\基因组辅助作图\\DNA序列定位

1、序列相似性比较。就是将待研究序列与DNA或蛋白质序列库进行比较，用于确定该序列的生物属性，也就是找出与此序列相似的已知序列是什么。完成这一工作只需要使用两两序列比较算法。常用的程序包有BLAST、FASTA等；

2、序列同源性分析。是将待研究序列加入到一组与之同源，但来自不同物种的序列中进行多序列同时比较，以确定该序列与其它序列间的同源性大小。这是理论分析方法中最关键的一步。完成这一工作必须使用多序列比较算法。常用的程序包有CLUSTALW等；

3、构建系统进化树。根据序列同源性分析的结果，重建反映物种间进化关系的进化树。为完成这一工作已发展了多种软件包，象PYLIP、MEGA等；