嵊州市疾病预防控制中心的前身是嵊州市卫生防疫站，成立于1956年，主要从事传染病的预防控制及血吸虫病等寄生虫病和地方病的防治，并开展食品卫生、劳动卫生、环境卫生、学校卫生等工作。皮肤病防治所和农村改水技术指导站并入后，又承担皮肤病、性病防治和改水技术服务的职能。2001年12月，更名为疾病预防控制中心，服务的外延和内涵进一步拓展，是全市公共卫生管理和卫生技术服务的中心。

五十年来，市疾控中心（原防疫站）以“预防为主”的方针，为保障我市广大群众的健康作出了不懈的努力。通过传染病管理、预防接种、查病治病、卫生监测及健康教育等工作，使我市的传染病发病率持续控制在300/10万以下，计划免疫相关疾病发病率保持在5/10万以下，儿童计划免疫接种率在95%以上，连续23年无脊髓灰质炎病例发生，近20年保持血防“三无”目标，基本控制碘缺乏病、地氟病、丝虫病、疟疾、白喉、钩体病、麻风病等疾病。曾获县以上科研成果奖5次，并多次荣获省级卫生防疫、血吸虫病防治先进集体称号和全国计划免疫先进集体称号。

随着社会经济的快速发展，公共卫生面临新问题、新挑战，如疾病谱变化后疾病防制的重点，结核病、艾滋病流行的控制，对疫情暴发、公共卫生突发事件的快速响应，影响健康的危害因素（如环境、行为等）监测，健康教育的途径和形式等等，疾病预防控制中心将承担起更为广泛的公共卫生预防任务．