政协永年县委员会的工作机构是根据1998年4月县委下达的“政协永年县委员会职能配置 ，内设机构和人员编制方案”的文件，将原设的一室（办公室成立于1981年5月）三科（联络科、宣教科、文史科成立于1984年5月）改设三室（局级）即办公室、科教文史室、经济联络室。 联络科是经济联络室的前身，宣教科和文史科合并为科教文史室。三室下设六科即：办公室下设资料科、行政科；科教文史室下设科教科、文史科；经济联络室下设经济科、联络科。政协编制30个，其中行政编制23人，事业编制7人，老干部服务人员配备1人，编制另列，领导干部职数设正副主席5人（包括县委统战部长兼任的副主席），三室设正副主任9名。科（股）级干部职数6人。2002年8月，县编委按照县委机构改革精简机构，精简编制的要求，确定政协机构将原来的三室必设为一室两委（局级），即办公室、教科文卫委员会、经济联络委员会。一室两委下设六科（股级）即办公室下设资料科、行政科；教科文卫委员会下设科教科、文史科；经济联络委员会下设经济科、联络科。根据改革精神，政协编制按15%精简，不设事业编制，核定编制27人，行政编制20人，老干管理和工勤人员7名，局级干部职数9名，股级干部职数6名，缺编7名。领导干部职数同2001年编制。2001年1月至2003年7月，政协机关有驻会主席、副主席2人，室委局级干部7人，干事11人，职工及勤杂人员4人，共24人。2003年8月至2003年12月，政协机关有驻会主席、副主席3人，室委局级干部7人，干事11人，职工及勤杂人员7人。共28人。