全国支学助教工程办公室是中国关心下一代工作委员会教育发展中心领导下的，以落实全国支学助教工程的事业单位。目前，全国支学助教工程办公室在全国31个省市自治区都设有办事处。办公室共有职工1200余人，志愿者600余人。全国支学助教工程办公室下设行政人事部、财务部、市场部、项目拓展部、公共关系部、志愿者部、编辑部、中国教育科学研究中心、中国教育科学由基金会、营销策划中心、呼叫中心、研发中心、物流中心、培训中心和讲师团、恩才网等16个单位和部门。