南京博物院大遗址保护研究中心是南京博物院进行大遗址保护科研与应用的综合性研究机构，在南博和无锡市鸿山遗址博物馆分别设有办公场所。

南京博物院大遗址保护研究中心始终贯彻“开放、创新、联合、服务”的建设方针，围绕国家大遗址保护“十一五”规划的有关规定和中国东南地区大遗址的地域特点开展工作，对外承接与大遗址保护有关的考古调查勘探发掘、规划、保护以及展示项目。研究方向涵盖古建筑、规划、文物保护、考古、陈列展示、计算机等领域，成功开展了武进淹城遗址保护利用总体规划、无锡鸿山遗址博物馆越国贵族墓复原、徐州龟山汉墓墓道保护、绍兴印山越国王陵保护、浙江宁波田螺山遗址现场保护设计、徐州市狮子山汉兵马俑坑防水加固保护、杭州老虎洞南宋官窑窑址抢救性保护方案设计等大型项目。其中，无锡鸿山大遗址保护已被标榜为成功个案。将遗址保护与社区建设相结合，即城市休闲绿地模式，不仅实现了大遗址的保护，同时也做到了与周围环境的协调融合、社区居民的共存发展，真正实现了保护与利用的互相促进，协调发展。