司马谈流传下来的文章是《论六家要旨》一文。

在这篇论文里他概括出阴阳、儒、墨、名、法、道六家，并加以论述。他第一次分析出自春秋战国以来重要的学术流派。也反映出汉武时代以儒家思想为主，兼用阴阳家、法家和道家“黄老”的学说，即所谓“汉家自有制度，本以霸王道杂之”，而并不“纯任德教”(《汉书· 元帝纪》)的思想。从而反映了汉武时代社会和统治思想复杂化的现实情况。其六家之说，不仅为后来司马迁给先秦诸子作传以重要的启示和借鉴、也为西汉末期名儒刘向、刘歆父子给先秦谱子分类奠定基础。