立体结构又称垂直结构，是指农业生物之间在空间垂直方向上的配置组合，即在一定单位面积土地（或水域、区域）上，根据自然资源的特点和不同农业生物的特征、特性，在垂直方向上建立由多物种共存、多层次配置、多级质能循环利用的立体种植、养殖等的生态系统，从而高度地利用自然资源，增进土壤肥力，减少环境污染，获得更多的物质产量，达到经济、生态和社会效益的统一。

农业生态系统的立体结构大体有农田立体模式、水体立体模式、坡地立体模式、养殖业立体模式等。农业生态系统的这种优化的人工生物群落，形成中国独具特色的立体农业模式。