国家自然科学基金依托单位是科学基金制运行的重要枢纽，是组织实施科学基金项目的重要依托。截至2010年1月，有2257家符合条件的科研机构在国家自然科学基金委员会注册为依托单位。从2011年开始，新增科学基金依托单位即可独立向国家自然科学基金委员会申请国家自然科学基金项目。