福建医科大学口腔医学院前身为福建医科大学口腔医学系，成立于1984年，2000年10月改系建院。学院建立有从学士、硕士到博士的完整学位教育体系。现有口腔内科学、口腔颌面外科学、口腔修复学、口腔正畸学、口腔基础医学等五个教研室及口腔医学实验室和实验中心，有12个临床实习基地。口腔医学专业为福建省特色专业，口腔修复学、牙周病学等学科为省、校级精品课程和优秀教学团队。学院获福建省科学技术奖二等奖、三等奖、校教学成果奖一等奖等奖项。学院建设有一支高素质的师资队伍。教师队伍中，获国务院政府特殊津贴3人，入选福建省百千万人才工程5人，博士生导师2人，硕士生导师19人，福建医科大学学科带头人6人，青年骨干教师6人，多名专家在全国高校口腔医学专业教学指导委员会、中华口腔医学会的各学科专业委员会担任常委或委员。

学院现每年招收本科生90多人，博、硕士研究生近30人。学院每年培养的本科生考入全国重点口腔医学院校和福建医科大学的研究生平均数为30.5%。毕业生参加全国执业医师资格考试通过率为95%以上，居全国高等口腔医学院校前茅。

学院注重对外交流与合作，聘请国内外口腔医学界知名专家、教授为专业客座教授，与国内外口腔医学学术界保持密切联系，注重口腔医学最新发展成果的学习运用，提升学院教学水平和学术研究水平，不断扩大影响，逐步跻身国内同类口腔医学院校的先进行列。