PAML（Phylogenetic Analysis by Maximum Likelihood）

PAML是一款利用最大似然法对DNA或蛋白质序列进行系统发育分析的软件包，该软件包由著名华裔科学家、英国皇家科学学院士、伦敦大学统计遗传学教授杨子恒开发并免费提供给学术研究使用。

PAML在UNIX/Linux/Mac OSX系统下使用ANSI C源码，在Window系统下（Windows 9x/NT/2000/XP/Vista）使用DOS命令操作。

从应用范围来说，PAML并不是最好的系统树构建软件，但在系统树的基础上可以非常有效的进行：进化参数估计、进化假说检验、分歧时间估计、正选择估计等。因此，可以用PAUP*、PHYLIP等首先进行系统树构建，之后用PAML进行分子进化方面的研究。

【相关资料】

PAML网站：http://abacus.gene.ucl.ac.uk/software/paml.html

杨子恒网站：http://abacus.gene.ucl.ac.uk/