用子实体的某一部分来分离菌种的方法，称为组织分离法。组织分离法简便,后代不易发生变异，能保持原菌株的优良特性。组织分离最好采用正处于旺盛生长中的幼嫩子实体或菇蕾作为分离材料，采取菌盖与菌柄交接处的组织进行分离，效果最好，对于那些有内或外菌幕保护的菇类来说,取在菌幕保护下的幼嫩菌褶接种，生活力更加旺盛。对于某些菌根菌，则取用靠近基部的菌柄组织才能成活。

例如：

1.著名的黑木耳菌种“菊三”、“冬梅1号”、“雪梅1号”、“雪梅3号”、“984”就是黑龙江省柴河食用菌学会冬梅食用菌厂，通过对野生木耳组织分离，驯化选育成功的。

2.香菇组织分离方法

选用的子实体先经0.1％开汞水或70％酒精表面消毒后。用无菌水冲洗并用无菌纱布擦去表面水分。分离香菇时用无菌解剖刀自菌柄处切开少许，再用手将子实体掰开为二，在菌盖与菌褶交界处，切取0.3～0.4立方厘米的一小块菌肉，移放在斜面培养基中央。如已开伞的种菇、则选菌盖与菌柄交界处的菌肉。分离草菇时，用无菌解剖刀把菌蕾纵切少许；再用手把菌盖轻轻剥开，在菌柄上方和菌盖交界处，切取1～5毫米的细块，接在斜面培养基中。如种菇已受雨淋，吸水较多，应取菌褶作为接种材料。组织分离后将试管外面放在恒温箱中培养。待组织块周围萌发出菌丝，并向 培养基蔓延生长后，再挑取生长健壮的菌丝进行转管培养。组织分离法操作简便，又不易带入杂菌，容易获得纯菌种。但对银耳、黑木耳等胶质菌；因其子实体中菌丝的含量极少，如用组织分离培养，则往往不易成功。