主引导分区一般就是指硬盘主分区，即C区。

但主引导扇区则是指硬盘0柱面0磁道上的第一个扇区（512B），里面存放着硬盘的分区信息和引导程序，计算机开机自检后调用主引导扇区的内容来进行计算机的启动，根据分区信息找到存放操作系统的分区（一般为C），然后将控制权交给操作系统，完成系统启动。

主引导扇区内容被破坏就无法启动操作系统，并且将报告分区错误。若要隐藏某个逻辑分区，也可以在主引导扇区中进行修改（这个技术是大部分品牌计算机使用的备份系统，就是一键恢复）。